Περιπατητική σχολή

Στο αριστερό τμήμα, στην πλευρά του Πλάτωνα και στο ίδιο ύψος με αυτόν φαίνεται μια ομάδα συνομιλητών, στην οποία συμμετέχουν ο Σωκράτης, ο βιογράφος του Ξενοφών και ο γνωστός πολιτικο-στρατιωτικός ταραξίας Αλκιβιάδης (με στολή). Οι υπόλοιποι «συνομιλητές» δεν είναι δυνατόν να ταυτοποιηθούν, σίγουρα ο καλλιτέχνης είχε κάποια σημαντικά πρόσωπα στο μυαλό του. Ακριβώς κάτω από την ομάδα του Σωκράτη βρίσκεται μια ομάδα, της οποίας κεντρικό πρόσωπο είναι ο Πυθαγόρας, πάνω από τον ώμο του οποίου παρακολουθεί ο Άραβας φιλόσοφος της μεσαιωνικής εποχής Αβερρόης (με το τουρμπάνι). Αριστερά, πίσω από τον Πυθαγόρα, δίπλα στην κολώνα φαίνεται το στεφανωμένο κεφάλι του Γηραιού Ζήνωνα του Ελεάτη, ο οποίος συνομιλεί με τον κατά ενάμισο αιώνα νεότερό του, επίσης στεφανωμένο με κληματόφυλλα Επίκουρο. Η επικούρεια Σχολή δεν εντάσσεται αμιγώς στην πυθαγορέικη και σωκρατική- πλατωνική παράδοση, βρίσκεται όμως στον αντίποδα της δεξιάς πλευράς του πίνακα, γι' αυτό ο καλλιτέχνης τοποθέτησε τον Επίκουρο στο αριστερό περιθώριο.
Στο ίδιο «επίπεδο χρόνου» με τον Πυθαγόρα, στο μεσαίο τμήμα του πίνακα, αλλά στην πλευρά του Πλάτωνα απεικονίζεται μόνος του, σε περίσκεψη ο Ηράκλειτος. Λέγεται ότι ο Ραφαήλ τοποθέτησε εδώ τον Ηράκλειτο, αφού πήρε ιδέες από ένα πίνακα του Michelangelo Buonarotti, γι' αυτό και ο ζωγραφισμένος φιλόσοφος έχει τα χαρακτηριστικά προσώπου αυτού του σπουδαίου ζωγράφου και γλύπτη. Δεν είναι τυχαίο δε ότι ο Ηράκλειτος του πίνακα στηρίζεται σε ένα κύβο μαρμάρου. Στο κέντρο του πίνακα, στο πάνω μέρος δεσπόζουν βέβαια, αριστερά ο Πλάτων και δεξιά ο Αριστοτέλης. Σημειωτέον ότι ο Πλάτων έχει τα χαρακτηριστικά προσώπου του Leonardo da Vinci. Στο χέρι κρατάει ο Πλάτων-ντα Βίντσι τον «Τίμαιο». Ο Αριστοτέλης, ο οποίος φαίνεται σε ζωηρή συζήτηση με τον Πλάτωνα, μαθητής και αργότερα συνεργάτης του ιδρυτή της Ακαδημίας, κρατάει στο χέρι του το σύγγραμμα «Νικομάχεια Ηθική». Σε χαμηλότερο επίπεδο από την κορυφή, στην πλευρά του Αριστοτέλη κάθεται ο κυνικός Διογένης, με πενιχρή ενδυμασία και περίπου περιφρονητική στάση, σε σχέση με τη μεγαλοπρέπεια του χώρου.
Τα πρόσωπα στη δεξιά πλευρά του πίνακα, δίπλα στον Αριστοτέλη θα έπρεπε να είναι μέλη της περιπατητικής σχολής του μεγάλου φιλοσόφου. Στο χαμηλότερο επίπεδο αυτής της πλευράς του πίνακα σκύβει ο Ευκλείδης, σε πρώτο πλάνο, όπως και ο Πυθαγόρας αριστερά και εξηγεί σε ακροατές τα θεωρήματά του. Δεξιά, δίπλα στον Ευκλείδη στέκονται κατά μέτωπο δύο άτομα, ο γενειοφόρος με το πρόσωπο στραμμένο στο θεατή είναι ο Πέρσης φιλόσοφος και θρησκευτικός ηγέτης Ζωροάστρης (Ζαρατούστρα), ο οποίος κρατάει μία γαλάζια ουράνια σφαίρα, προφανώς λόγω της σχέσης του με αστρολογικές δοξασίες κτλ. Με την πλάτη γυρισμένη στο θεατή είναι ο Αλεξανδρινός αστρονόμος και γεωγράφος Πτολεμαίος, τον οποίο για πολλούς αιώνες παρίσταναν οι καλλιτέχνες, όπως εδώ ο Ραφαήλ, με βασιλικό στέμμα, γιατί τον θεωρούσαν συγγενή των βασιλιάδων του αιγυπτιακού ελληνιστικού κράτους. Δεξιά, δίπλα από τον Πτολεμαίο φαίνεται ο ίδιος ο Ραφαήλ Σάντσιο να κοιτάει τον παρατηρητή του πίνακα, ενώ δίπλα του στέκεται ο συνάδελφός του Sodoma, ο οποίος είχε κάνει καλλιτεχνικές προεργασίες στο ίδιο κτήριο που ολοκλήρωσε τελικά ο Σάντσιο.